1.地方政府债务审计力度不足
目前绝大部分的地方政府投融资平台都由政府直接领导管理或间接管理,由政府审计部门直接执行审计。 这种大规模的政府有针对性的审计,只在政府债务性风险加剧的特殊背景下,才由国家出面统一部署进行,可以说是在问题出现事后时进行的专项审计,并没有形成常规性审计,而且这种由上级机构对下级机构监督进行的审计,亦没有健全的制度来保障相关方面审计的进行和实施。在这种状况下，审计部门和审计人员对地方政府融资平台债务审计的难度加大，大大降低了审计效率，导致审计结果也常常不尽人意。在监督体系方面，审计机关无法在融资平台融资之前掌握相关情况，缺乏对地方政府融资平台举债行为的监督，使审计机关对地方政府融资平台的监督起不到应有的作用，不能及时预警风险，避免风险的产生。
2.审计内容不合理，不重视绩效审计与经济责任审计，
我国目前的政府官员考核机制以政绩为主要参考标准，该考核机制片面强调GDP、CPI、财政收入等指标的重要性，使得债务资金的使用效益及偿债风险等指标被过度忽略，地方政府官员为了政绩通过融资平台大量举债而不在乎债务资金是否得到合理利用。审计部门和审计人员在对地方政府融资平台进行审计时，往往只注重审查地方政府融资平台债务的基本情况，单纯的审查帐表和相关会计资料，缺少对地方政府官员的绩效审计和经济责任审计，无法对地方政府融资平台违规使用的债务资金和部分政府官员贪污的款项进行查明，不能有效规范地方政府官员通过地方政府融资平台举债的行为，无法有效防范债务风险。
3.以审计机关为主，较少利用外部资源
对地方政府融资平台的审计调查工作，主要以审计机关为主。但是审计机关的各个部门却没有通力配合、积极合作，审计金融的部门只检查银行的贷款、审计财政的部门只检查预算的使用情况，审计人员各行其是。在这种情况下，审计人员眼光会变得狭窄，无法从全局看待整个问题，造成对地方政府融资平台风险的判断失误。同时，审计机关和审计人员在对地方政府融资平台进行审计时，较少利用外部资源，审计人员往往站在审计的角度看到债务问题，无法从专业的角度，比如金融、信贷等，这也会导致审计人员看待问题不够透彻。