地方政府融资平台贷款在运行上存在的风险：
一、信用风险
平台贷款由于具有地方政府以及财政担保的特征，一直以来都存在不同程度的政府代偿风险。另一方面，现有的平台公司中大多由县级平台公司组成，但是因为县级平台公司的经营和管理水平有所不足，这也为平台贷款积累了一定的风险。
由于地方政府融资平台的主要作用是用于地方政府融资，通常由政府划拨的土地、股权作为资产在融资中的担保，这样造成了地方融资平台的高负债率。此外，银行与地方政府之间信息的不对称也成为了一种信用风险。地方政府通常不向银行提供详细的财政收支状况以及一些资产融资平台的总贷款额等详细信息，使得银行难以全面的掌握当地财政收支中一些重要信息。
由于银行对政府融资平台的信用评价完全取决于当地政府的财政状况，所以银行更需要掌握政府的财政收支以及还贷能力等情况。事实上，银行往往只凭借于一些不完整的资料来进行评估。
二、流动性风险
由于地方政府融资平台的贷款主要投向于公路以及一些市政基础建设，所以项目资金需求量较大，贷款期限以及偿还期限都较长。
因此，平台贷款的增加将导致商业银行在中长期贷款上的快速膨胀，而中长期贷款所占的比重过高则加大了银行贷款结构的不平衡发展。商业银行潜在的信用风险和流动风险都较大。
三、法律风险
从法律规定上来看，财政性担保实质上就是一种特殊的保证担保，然而在我国法律中曾指出国家机关不能为担保人，很显然，财政性担保不属于国家机关可以成为担保人的范畴，因此若有冲突银行很难拿着相关协议去法院打官司。还有一些政府为了融资的便利，以行政的手段将其他法人的资产强行规划到政府融资平台中，其中尤以容易得到银行信任的燃气、自来水等公共事业为主。这就为金融机构带来了一定的融资风险以及相关的法律风险。
在市场经济体制下，政府用行政手段强行划归法人资产，一旦出现债务问题，债权人也难以用法律的手段去处置这些资产。
四、政策风险
平台贷款所面临的政策风险主要表现为两个方面。
一方面是指地方政府受到经济环境变化的影响，财税或是土地转让收入大幅度下滑或是支出大幅度增加，进而在客观上导致财政收入不稳，财政状况入不敷出。无力按照原有的担保偿还平台贷款的到期债务。
另一方面是指，由于平台贷款期限一般较长，可能跨越几届政府任期，地方政府因换届而不愿偿还贷款，新一届政府不为上一届政府买单，能拖则拖。特别是地方政府融资平台企业与地方政府形式上的相对独立，使银行面对较大的不确定性风险。